B.U.G.S-peliä on helppo pelata. Sen kun vain mätkit kaikkia näytölle ilmestyviä avaruu- solioita. Peli käynnistetään välilyöntinäppäintä painamalla. Voit ohjata avaruusalustasi neljällä nuolinäppäimellä ja ampua välilyöntinäppäimellä. Alt-näppäin luo aluksesi ympärille suojaavan kilven hetkeksi aikaa. Rakettiohjukset lähetetään matkaan Ctrl- näppäimellä.
    Saat tosin raketteja käyttöösi vasta, kun olet poiminut niitä matkallasi. Raketteja ilmestyy näkyviin, kun olet räiskinyt muutaman hyökkäävän aluksen atomeiksi. Raketti poimitaan lentämällä sen yli. 
    Kun olet ampunut viimeisen- kin vihollisen, voit lentää näytön yläreunaan ja käynnistää uuden hyökkäysaallon. 
    Jos hiki alkaa pelin tuoskinnassa kihota otsallesi, saatat olla tauon tarpeessa. Peli jähmettyy taukotilaan p-näppäimellä. Pelistä poistutaan näppäilemällä Quit ja vahvistamalla valinta napsauttamalla Yes-painiketta.